Εν συνεχεία ήλθε στη Μονή των Νοτενών, που ευρίσκεται κοντά στη γενέτειρά του και τιμάται απ’ ονόματι της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, και έγινε Καθηγούμενος αυτης. Δεν παρήλθαν, όμως, πολλά χρόνια καί, φλεγόμενος από τον πόθο της ησυχίας, παραιτήθηκε απο το αξίωμα του ηγουμένου, και απεσύρθη σε κάποιο σπήλαιο, που υπήρχε πλησίον του Μοναστηριού. 

Στο μικρό εκείνο σπήλαιο, ο όσιος επεδόθη σε σκληρή άσκηση, με διαρκείς προσευχές, νηστείες και αγρυ­πνίες, υπομένοντας κάθε σκληραγωγία και στενοχωρία της ασκητικής πολιτείας, προκειμένου να καθαρίση τον εαυτό του απο τα πάθη και να γίνει εύχρηστο σκεύος του αγίου Πνεύματος.

Η τροφή του ήταν χυλός αλεύρου βρασμένου με μέλι, ή άγρια χόρτα βρασμένα. Οι μεγάλοι του πνευματικοί αγώνες ήσαν κρυπτοί, γιατί εφοβόταν ότι «η φανερη αρετη χάνεται, καθώς ο θησαυρος ο φανερός κλέπτεται». Έτσι όλες τις νύκτες εκοιμόταν όρθιος, κρεμασμένος με σχοινιά απο τις μασχάλες του, έχοντας εμπρός του ένα Τετραευάγγελο ανοικτό. 

Αν και όταν εντελώς αγράμματος, εν τούτοις τόσο πολύ κατανοούσε την αγία Γραφή και τα συγγράμματα των θείων Πατέρων, ώστε και ο τότε Μητροπολίτης Παλαιών Πατρών, Παρθένιος Ε΄ (1750-56 και 1759-70 μ.Χ.), Ο οποίος ήταν πολύ πεπαιδευμένος στην ελληνική σοφία, καταδεχόταν να πηγαίνη σ’ αυτόν και να τον συμβουλεύεται.

Έτσι, λοιπόν, επολιτεύετο και αγωνίζετο όλες τις ημέρες της ζωής του Ο όσιος, έως ότου έφθασε εις «άνδρα τέλειον, εις μέτρον ηλικίας του πληρώματος του Χριστού» (Εφ. δ΄ 13), περι τα μέσα του 18ου αιώνος. Τότε, καταλαβαίνοντας την ώρα της εκδημίας του, εκάλεσε τους πατέρες της Μονής και τους ενουθέτησε πως να πολιτεύωνται και να ζουν εν ειρήνη, κατα το μοναχικό τους πολίτευμα. έπειτα, αφού έκαμε το σημείο του Σταυρού, είπε: «Εις χείρας σου, Χριστέ, παρατίθημι το πνεύμά μου», και έτσι απέπνευσε. Ενταφιάσθη ευλαβώς στον νάρθηκα του Ιερού ναού, στο μοναστήρι. 

Τρία χρόνια μετα την κοίμησι του οσίου, ο ανωτέρω Μητροπολίτης Παλαιών Πατρών θέλησε να του κάμη ανακομιδή. Ένας, όμως, από εκείνους που έσκαβαν, τραβώντας απρόσεκτα, έβγαλε κομμένο απο τους όμους το δεξιό χέρι του οσίου με όλο το κρέας και το δέρμα του. Τότε εξεπλάγησαν όλοι και άρχισαν προσεκτικά να βγάζουν με τα δάκτυλα το χώμα απο τον τάφο, εως ότου το υπόλοιπο σώμα του αγίου εβγήκε όλο ακέραιο, πλήρες ευωδίας, και κατα κάποιον τρόπον εστάθη όρθιο, όπως εκείνο του αγίου Σπυρίδωνος. 

Τότε η φήμη του ιερού Λειψάνου διεδόθη παντού και πολλοί χριστιανοί έτρεχαν σ’ αυτό, άλλοι μεν χάριν προσκυνήσεως, άλλοι δε για να Ιατρεύσουν τα πάθη τους, και αμέσως ελάμβαναν την θεραπεία τους. Και όχι μόνον οι χριστιανοί, αλλα και πολλοί τούρκοι πήγαιναν, και εθεραπεύοντο απο τον άγιον. 

Όμως, αφού παρήλθαν ολίγα χρόνια, κατα την μεγάλη επιδρομη των Τουρκαλβανών στον Μωρέα, μετα την αποτυχημένη εξέγερσι των Ορλωφικών (1770), «κρίμασιν οις οίδεν ο Κύριος», το ιερό Λείψανο διελύθη και η αγία Κάρα του οσίου εκλάπη μαζί με άλλα πολύτιμα αντικείμενα της Μονής. 

Σήμερα στην ιερα Μονή των Νοτενών σώζονται ολίγα Λείψανα από το ιερό σκήνος του οσίου Ιωακείμ του Νέου, ενώ εμπρός από το σπήλαιο, στο οποίο ασκήτευε, έχει οικοδομηθή εκκλησία επ’ ονόματί του, όπου και η μνήμη τιμάται με λαμπρότητα κατά την 3ην του μηνός Ιουλίου. 

Αυτού αγίαις πρεσβείαις, Κύριε, ελέησον πάντας ημας. Αμήν.