Στο ποιμαντικό του έργο, εξακολούθησε να διδάσκει και να καθοδηγεί το ποίμνιο του, αλλά κυρίως αντιμαχόταν τις αιρέσεις, και ιδιαίτερα την αίρεση των Ναυτιανών. Η επιτυχία με την οποία καταπολεμούσε τους Ναυτιανούς, ξεσήκωσε τα άγρια πάθη τους και ζητούσαν την εξόντωση του. Έτσι, το έτος 326 μ.Χ. πλήρωσαν κάποιους ειδωλολάτρες, οι οποίοι σε κρημνώδη περιοχή επιτέθηκαν κατά του Αγίου με ξύλα και πέτρες και τον άφησαν μισοπεθαμένο.

Πριν ξεψυχήσει, μία εκ των φανατικών αιρετικών γυναικών τον θανάτωσε διά λίθου.

 Ἀπολυτίκια
Ἦχος δ΄. Ταχὺ προκατάλαβε.

Ὁσίως ἱέρευσας, τῷ ἐπὶ πάντων Θεῶ, καὶ πρόεδρος ἔνθεος, τῆς Ἐκκλησίας Γαγγρῶν, ἐδείχθης Ὑπάτιε, Ὅθεν θαυματουργίαις, διαλάμπων ποικίλαις, σύνθρονον τῷ Τεκόντι, τὸν Υἷον ὠμολώγεις, δι' ὃν καὶ χαίρων ἤθλησας, Ἱερομάρτυς ἔνδοξε.

Ἦχος δ΄

Καί τρόπων μέτοχος, καί θρόνων διάδοχος, τῶν Ἀποστόλων γενόμενος, τήν πρᾶξιν εὗρες θεόπνευστε, εἰς θεωρίας ἐπίβασιν· διά τοῦτο τόν λόγον τῆς ἀληθείας ὀρθοτομῶν, καί τῇ πίστει ἐνήθλησας μέχρις αἵματος, Ἱερομάρτυς Ὑπάτιε· Πρέσβευε Χριστῷ τῷ Θεῷ, σωθῆναι τάς ψυχάς ἡμῶν.

Μεγαλυνάριον

Ὁμοουσιότητος τοῦ Πατρός, καὶ Υἱοῦ παμμάκαρ, χρηματίζων κῆρυξ λαμπρός, ἀθλήσει σφραγίζεις, τὸν θαυμαστόν σου βίον, Ὑπάτιε θεόφρον, Γαγγρῶν ὁ πρόεδρος.

πηγή:saint.gr